가장 강한 근거는 두 집단의 비교를 통해 이루어진 임상시험에서 나타나게 됩니다. 한 집단에는 가능성이 있는 새로운 치료법이 적용되고 다른 집단에는 기존의 치료법 혹은 위약(약물처럼 보이지만 치료와는 상관없는 성분을 지니는 안전한 물질)이 주어집니다. 이 실험의 결과는 실험과 전혀 관계없는 관련 전문가에 의해 평가된 후 의미 있는 결과임이 인정되는 경우 의학 저널에 발표됩니다. 새로운 치료법의 효과가 기존의 치료법보다 더 좋고 대규모의 임상시험 연구에서도 일관적이고 동일한 결과가 나온다면 결국 상용화됩니다. 이러한 일련의 과정이 과학적인 근거를 제공하는 것입니다.

한편, 보완 요법들은 수백 년 혹은 수천 년 동안 지속적으로 사용되었고, 그 효과성은 여러 시행착오를 거쳐 성립되었으며, 관련 지식은 입에서 입으로 세대에 걸쳐 전해져 왔습니다. 그러나 치료법의 작용 기전이 모두 알려져 있는 것은 아니며, 다만 치료법이 효과적일 것이라는 오랜 신념을 근거로 활용하게 됩니다.

최근 전 세계에 걸쳐 보완대체요법에 대한 관심이 증가하면서 일부 요법들의 임상적 효과성에 대한 과학적 검증이 진행되고 있으며, 효과성이 인정되는 경우 실제 치료 기전에 대한 정밀한 과학적 검증 후에 적용되고 있기도 합니다. 그러나 보완대체요법을 통한 치료는 실제로 치료 효과성 및 안전성 부분에 작용하는 많은 요인들이 있기 때문에, 많은 경우 치료 과정 및 내용의 어떤 요인이 효과를 내는 데 구체적인 기여를 하는지 결정하기가 어렵습니다.