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이 수술법은 방법 상 매우 어렵고, 또한 아주 숙련된 의사라도 해도 높은 수술 전후 이환율과 사망률이 동반됩니다. 미국의 한 연구에서 328명의 근치적 흉막외 폐전절제술을 시행 받은 악성중피종 환자를 조사한 결과, 전체 합병증 빈도는 60%나 되었습니다. 부정맥 중 하나인 심방세동이 가장 흔한 수술 후 합병증으로 예방적으로 항부정맥약제을 사용하였는데도, 환자의 40%에서 발생하였습니다.
다른 심각한 합병증은 수술 부위를 통한 흉막강으로의 심장 또는 복강장기의 탈장(herniation), 회귀후두신경 손상으로 인한 성대마비, 기관지-흉막강루(bronchopleural fistula), 농흉, 호흡부전 등이 있을 수 있습니다. 수술 중 세심한 주의를 기울이는 것이 이환율과 사망률을 줄일 수 있는데, 아주 숙련된 의사라고 해도 수술 후 사망률은 4% 정도나 됩니다.
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