치료의 합병증은 주로 항암화학요법 치료나 방사선 치료 시 발생하게 됩니다.
항암화학요법 후 나타나는 부작용은 모든 항암화학요법에서 나타나는 전신적 면역 기능 감소 및 혈액 질환이 있으므로 반드시 소아 종양 치료 전문 기관에서 세심한 주의를 기울여 치료하여야 합니다.
방사선 치료 후 부작용은 백내장, 망막증, 시신경증 등이 있고 그 외 건성안, 안와의 위축, 안와 변형이 일어나는 경우도 있는데 이는 실명의 원인이 될 수도 있습니다. 이는 방사선 치료 방법, 방사선 조사량과 연관이 있으며 발생하는 시기는 다양합니다. 방사선 치료와 항암화학요법을 동시에 사용할 때 합병증에 의한 실명의 위험은 더욱 높아집니다.
또한, 방사선 치료 후 수 년 이상의 상당한 시일이 경과 후 치료 부위 또는 치료 부위 바깥에 이차적 악성 종양이 생길 수 있는데 다행히 드물게 나타납니다. 또한 이 병 자체가 암 억제 유전자의 결손에 의하여 일어나므로 망막모세포종뿐만 아니라 다른 암 발생율도 일반적인 정상인의 경우보다 많게는 400배(특히 안와에 발생하는 골육종)까지도 높다고 보고되고 있으므로 방사선에 의한 이차 종양인지 구별하기 어려운 경우가 대부분입니다.
양측성이나 유전성 망막모세포종 환자에게 치료 후 이차성 종양으로 골육종, 백혈병, 림프종 등이 발생할 수도 있습니다.
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