횡문근육종은 조직검사를 시행하여 진단합니다. 즉, 마취 후 바늘을 이용하거나 피부를 절개하여 종양조직 일부를 채취하여 일정 처리과정을 거쳐 현미경을 통해 종양세포를 관찰합니다. 그리고 진단 병기의 결정을 위해서는 의심되는 부위의 단순 X선 촬영(X-ray), 흉부 전산화단층촬영(CT) 또는 자기공명영상(MRI), 복부의 전산화단층촬영(CT), 그리고 뼈스캔(Bone scan), 양전자방출단층촬영(PET-CT) 및 골수 검사 등이 필요합니다. 그 외에 뇌와 밀접하게 가까운 위치에 발생한 경우 뇌척수액 검사도 함께 시행합니다.
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