종격동 종양은 특성(악성도, 크기, 위치, 감염의 여부, 종양과 관련한 호르몬의 분비 등)에 따라 증상의 발현이 다양하게 나타납니다. 일반적으로 악성일 경우 75~85% 정도 증상이 있으며, 양성일 경우 33~46% 정도 증상이 발현된다고 알려져 있습니다.
소아의 경우, 작은 종양이더라도 기침, 호흡곤란, 협착음 등 호흡기계 증상이 나타날 수 있으며, 감염이 동반할 경우, 발열과 함께 폐렴이 발생할 수 있습니다. 성인에서는 기침, 호흡곤란, 분명치 않은 흉통 등의 증상이 발현될 수 있습니다. 악성일 경우, 종양이 흉강 내의 주요한 기관을 압박 및 침범함으로써 발생하는 흉통, 체중감소, 호흡곤란, 애성(쉰 목소리), 상대정맥 증후군 등의 증상이나 부종양증후군에 의한 증상이 있을 수 있습니다. 흉선종의 경우 중증 근무력증, 혈구 감소증, 저(低)감마글로불린혈증, 다발성 근염, 전신성 홍반성 낭창 등이 동반될 수 있습니다. 호지킨 림프종의 경우 병이 많이 진행된 경우, 'B 증상'(원인 불명의 열, 야간 발한, 체중 감소)이 나타날 수 있습니다.
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