신우암의 치료는 암이 전이했는지 여부에 따라 크게 달라집니다.
신우암에 대한 치료방침은 외과적 치료가 주를 이룹니다.
암이 발생한 쪽의 신장, 요관, 방광벽의 일부를 모두 절제하는 방법으로 신우암에서 일반적으로 사용하는 방법입니다. 신장과 신우가 밀접해 있고, 요관의 일부를 남겨두면 남겨진 부분에서 암이 발생하기 쉽고, 반대쪽 요관에서는 암이 거의 발생하지 않는다는 것을 고려해서 신장과 요관 전체를 적출할 필요가 있습니다. 구체적인 수술 방법으로는 개복술, 복강경을 이용한 수술, 그리고 로봇을 이용한 복강경 수술 등이 있습니다.
신장이 하나밖에 없거나 양측성으로 발생한 경우, 그리고 신부전 등을 동반한 환자에서는 각각의 상황을 고려하여 수술을 결정합니다.
종양이 다른 장기로 전이한 경우에는 외과적 치료의 적용 대상에서 벗어나게 됩니다. 이 경우 항암화학요법을 실시합니다.
요상피암에 대해서는 별로 효과가 없는 것으로 알려져 있으며, 수술이 불가능한 경우 또는 국소 진행된 신우요관암에서 수술 후 보조적으로 사용하기도 합니다.
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