간 조직을 구성하는 모든 세포가 종양성 증식을 할 수 있으며, 이를 원발성 간암이라고 합니다. 또한 다른 장기에서 생긴 암세포가 원격 전이로 간에 도달하여 성장하는 전이암도 흔히 보입니다. 조직검사란 환자의 암이 간에 생기는 여러 암종 중 어느 것인지를 확인하기 위해 암 조직의 일부를 떼어내어 현미경으로 그 구성 세포가 어떤 종류인지를 확인해 병리학적 진단을 내리는 것입니다. 대부분의 암은 이러한 조직검사를 거쳐 확진을 하게 됩니다. 간암의 대부분을 차지하는 간세포암종은 다른 부위의 암들(예를 들어 위암, 유방암, 대장암 등)과 달리 정밀하게 촬영하는 전산화단층촬영(CT)과 자기공명영상(MRI) 검사만으로도 진단이 가능합니다. 그러나 촬영된 종양이 간세포암종의 전형적인 모습이 아닌 경우에는 조직검사를 하기도 합니다.

조직검사를 하고서도 진단을 정확하게 내릴 수 없는 경우는 다음과 같습니다.

1) 같은 종류의 암이라도 분화 정도에 따라 그 형태가 서로 다릅니다. 분화도란 세포의 구조와 기능이 특수화하고 성숙한 정도를 말합니다. 분화도가 매우 나쁜 경우엔 세포의 변형이 심해서 세포의 모양이나 세포들이 이루는 구조만으로는 어떤 종류의 세포에서 기원한 암인지 파악하기가 어려울 수 있습니다. 이러한 경우 추가로 특수 검사를 시행하여 진단을 내리기도 하지만, 추가 검사로도 악성 종양 여부나 조직학적 유형을 분명히 밝혀내기 어려울 때가 있습니다.

2) 간암 중 담관 상피에서 기원하는 담관암종은 거의 대부분 선암종(샘조직에 생긴 악성 종양)의 형태로 나타납니다. 이는 다른 장기의 선상피에서 기원하는 선암종과 매우 유사하여 구분하기 어려운 경우가 있습니다.

3) 채취한 조직의 양이 진단하기에 불충분한 경우가 있습니다. 암이 매우 빨리 자라는 경우 암 조직 내부의 괴사(생체 내의 조직이나 세포가 부분적으로 죽는 일)와 출혈을 동반하며, 어떤 암에서는 염증 세포와 섬유성 조직이 섞여 있어 조직검사에 이런 부위가 많이 포함되면 비록 종양에서 조직을 채취했다 해도 정확한 진단을 내릴 수 없게 됩니다. 이 같은 경우에는 조직검사를 다시 실시할 수도 있습니다.