남성호르몬을 억제하는 호르몬치료의 부작용으로는 빈혈, 뼈의 약화, 안면 홍조, 발기부전, 성욕 감퇴, 근육량 감소와 근력의 약화, 여성형 유방 그리고 감정변화 등이 있습니다. 이러한 부작용은 환자의 삶의 질과 자긍심, 타인과의 관계형성에 영향을 주기도 합니다.
남성호르몬 차단요법을 받은 지 몇 년 후에는 골다공증이나 그로 인한 골절 등 임상적으로 중요한 증상이 나타나는데, 차단요법을 받기 이전에 성선(性腺) 기능이 저하된 환자나 흡연자, 마른 체형의 사람들에게는 위험요인이 될 수 있습니다.
빈혈은 치료를 시작하고 5~6개월 후에 심해지며, 대체로 혈색소 즉 헤모글로빈이 10% 이상 감소됩니다. 빈혈로 호흡곤란과 피로가 올 수 있습니다.
안면 홍조는 폐경기 여성들이 경험하는 것과 비슷합니다. 얼굴과 목, 가슴 위쪽 등에서 뜨거운 열감이 수초에서 한 시간 정도까지 느껴집니다. 건강에는 별다른 해를 주지 않지만, 상당히 불쾌할 수 있습니다. 이렇게 갑작스럽게 폭발적으로 열이 뻗치는 이유는 피부 밑의 혈관이 확장되기 때문입니다. 이는 땀을 내 다시 몸을 정상으로 되돌리는 데에 도움을 줍니다. 안면 홍조의 발생은 예측이 불가능합니다. 어떤 사람들은 전혀 경험하지 않기도 하고, 어떤 사람들은 매우 큰 고통을 받습니다.
호르몬치료를 받는 많은 환자들은 쉽게 짜증이 나고 덜 적극적이 되어 자신이 정상적이 아니라는 느낌을 갖게 된다고 합니다. 체중 증가 등 신체의 작은 변화들 역시 흔한 부작용입니다. 하지만 많이들 믿는 것처럼 음성 톤이 변한다든지 대머리 남성의 머리가 다시 자라는 일 같은 것은 생기지 않습니다.