악성 뇌종양과 양성 뇌종양의 가장 큰 차이는 종양의 근원이 되는 세포가 무엇이냐 하는 것입니다.
양성 뇌종양은 뇌실질을 싸고 있는 부석기관에서 기원하므로 종양세포가 신경세포와 해부학적으로 분리되어 있으며, 따라서 팽창성 성장을 하면서 주변 뇌조직을 압박하고 구조물들을 종양의 반대편으로 밀어내지만, 정상 뇌조직과 종양간의 경계가 명확하여 수술로 완전히 제거하였을 경우에는 완치가 가능한 경우입니다. 다만 두개강이라는 닫힌 공간에서 자라는 뇌종양은 일정 크기 이상으로 자랄 수 없는 한편, 복잡한 신경구조와 얽혀 있어 양성이라 할지라도 완전히 제거하는 일이 불가능하여 완치가 어려울 수 있습니다. 그럴 경우에도 난치성 종양일 뿐 엄밀한 의미에서는 양성 뇌종양입니다.

악성 뇌종양은 뇌실질 세포에서 기원하는 종양들은 침윤성 성장을 하여 정상 뇌세포 사이사이로 악성 종양세포가 파고 들어가 종양과 정상 뇌 사이의 경계가 불명확한 것이 특징이며, 수술에 의한 완전 제거가 불가능합니다. 불행하게도 뇌종양 중 악성이 70% 정도를 차지하고 양성은 30% 정도입니다.