소아 뇌종양의 종류, 조직학적 아형, 발생 연령, 진단 당시의 뇌척수강 파급 여부 등 제반 조건에 따라 예후와 생존율은 매우 다릅니다. 일반적으로 말한다면 소아 뇌종양은 어른의 경우에 비해 상대적으로 예후가 좋으며 완치율이 60~70% 정도 됩니다. 양성 뇌종양의 경우 수술로 제거가 잘 되었다면 장기 생존율이 75~100%에 이르기도 합니다. 수술로 완전한 제거가 어려운 뇌의 깊은 부위에 있는 종양은 항암치료나 방사선치료로 어느 정도 효과를 기대할 수 있습니다.
소아에서 가장 흔한 악성 뇌종양인 수모세포종은 과거에 30~40%에 불과하던 장기 생존율이 최근엔 수술 및 방사선치료기법의 발전과 복합 항암화학요법의 도입 등에 힘입어 70~80%까지 향상되었습니다. 그러나 아직도 치료율이 이에 미치지 못하는 악성 뇌종양들도 있습니다. 예컨대 뇌간교종이나 비정형기형/횡문양종양 같은 경우 치료가 상당히 어려워서 보다 효과적인 새 치료제와 치료기술의 개발이 절실히 요구됩니다.